Afilhada da Unidos de Bangu e madrinha da Unidos do Uraiti, a Acadêmicos de Santa Cruz desfilou em 1960, 1961 e 1962 na própria localidade. Em 1962, filiou-se à Confederação da Escolas de Samba. Seu primeiro desfile na cidade foi no dia 2 de dezembro de 1962, por ocasião do 1° Congresso do Samba. Em 1963, disputou o carnaval na Praça Onze (Grupo 3) e foi campeã. Em 1965, a Acadêmicos de Santa Cruz foi campeã do Grupo 2, por ocasião do carnaval do IV Centenário.

Disputou por três anos o concurso principal das escolas de samba em 1966, 1970, 1985 e voltou mais algumas vezes ao Grupo principal, para disputar o Carnaval. Em 1989, a escola ganhou o desfile do segundo grupo e subiu para o Grupo Especial, no ano seguinte. Tinha um bom samba, que era muito cantado antes do carnaval, e fez um ótimo desfile, mas os jurados, talvez pela escola não ter a mesma tradição de outras, a colocaram novamente no 2º Grupo.

Em 1991, no transcorrer do desfile, houve uma queda de energia elétrica na Avenida, e a Santa Cruz não conseguiu desfilar. Logo após, ganhou na justiça o direito de desfilar entre as grandes escolas em 1992, sendo a primeira escola a desfilar no domingo de carnaval. No Grupo Especial, a escola não se deu bem e terminou na última colocação, já que não estava preparada para desfilar entre as grandes. A decisão da justiça saiu na sexta-feira de carnaval, ou seja, dois dias antes do desfile.

Em 1996, a Santa Cruz fez um lindo desfile e ganhou o desfile do Grupo A, garantindo novamente o direito de desfilar em 1997 entre as grandes escolas. Mas, infelizmente, a história de 1990 se repetiu: a escola foi rebaixada ficando a apenas 1 ponto da União da Ilha.

Depois de ter sido rebaixada em 97, fez desfiles muitos bons no Grupo A, como o de 98, apresentando o enredo "O exagerado Cazuza nas terras de Santa Cruz", o de 2001, falando sobre Mário Lago, culminando com a vitória no Grupo A em 2002, garantindo o direito de desfilar em 2003 novamente no Grupo Especial.